Le comité scientifique a pour mission de définir les orientations générales du projet en termes de recherche scientifique. Il est composé des responsables du projet, des partenaires académiques libyens mais aussi des chercheurs français et internationaux travaillant ou ayant travaillé sur la Libye. Afin de garantir la dimension de développement Il veille, avec le comité de pilotage, à la bonne exécution du projet.
Des comités scientifiques ad hoc peuvent être formés pour des activités scientifiques spécifiques.
