يتمثل دور اللجنة العلمية في صياغة التوجهات العلمية العامة للبرنامج وتتكون اللجنة من المشرفين على البرنامج وباحثين من ليبيا يمثلون الجامعات الشريكة وكذلك باحثين مختصين في المسألة الليبية من جامعات مختلفة من العالم.
كما يمكن أن تتكون لجاء علمية خاصة بأنشطة محددة.
